شرکت اطلس خمین کیش با شماره ثبت ۹۵۰۵ در سال ۲۰۱۱ در حوزه حمل بار مسافر و پست فعالیت خود را در فرودگاه بین المللی پیام آغاز کرد.

در سال ۲۰۲۰ (1398 )با واگذاری به مالکیت جدید و اضافه شدن به اکو سیستم هوانوردی سپهر طلایی پارس این شرکت اقدام به بروزرسانی کلیه مستندات، تجهیزات و سوابق خود با الزامات سازمان هواپیمایی کشوری نموده و تمدید مجوز بهره‌برداری خود را انجام داده است.

در سال ۲۰۲۱ (1399)مجدداً فعالیت خود را در حوزه حمل مسافر با هواپیماهای دو موتوره پیستونی در قالب ایر تاکسی ادامه داد و با توجه به ظرفیت موجود و نیاز کشور در سال ۲۰۲۲ موفق به کسب مجوز بهره‌برداری عملیات خاص در حوزه تصویربرداری هوایی شد که در همان سال فعالیت خود را با همکاری سایر ارگان‌های خصوصی و دولتی در استان یزد و توابع استان کرمان در حوزه تصویربرداری آغاز نمود. همزمان در پایان سال 2022 (1400) با خریداری دو فروند هواپیمای آنتونوف ۲۶ نسبت به افزایش فعالیت خود در حوزه حمل بار نیز اقدام کرد.

در سال 2024 (1403) شرکت هواپیمایی اطلس دارای دو فروند هواپیمای عملیاتی آنتونوف ۲۶ در حوزه حمل بار و سه فروند هواپیمای پایپر در حوزه حمل مسافر و عملیات تصویربرداری فعالیت گسترده‌ای دارد.

مصادف با ۲۲ بهمن ۱۴۰۳، هواپیمایی اطلس فعالیت رسمی بخش مسافری خود را با دو فروند بوئینگ ۷۳۷ و مک‌دانل داگلاس ام دی ۸۲ آغاز کرد. در ادامه، با اضافه شدن پروازهای اختصاصی توسط هواپیمای آرجی ۸۵، این شرکت توانست خدماتی متفاوت را به شبکه پروازی خود بیفزاید. شایان ذکر است که کلیه پروازهای مسافری اطلس ایر از ترمینال ۲ فرودگاه مهرآباد انجام می‌شوند.

در راستای بهبود زیرساخت‌های صنعت هوایی و تنوع خدمات، بخش اطلس هلیکوپتر با ورود هلیکوپترهای جدید رابینسون ۴۴ و بِل ۲۰۶ راه‌اندازی شد. این اقدام، ظرفیت ارائه خدمات هلیکوپتری در حوزه‌های پروازهای تفریحی، ایرتاکسی، آموزشی و مأموریت‌های خاص را افزایش داده است.

همچنین به منظور تقویت بخش حمل‌ونقل بار، یک فروند بوئینگ ۷۳۷ باری با ظرفیت ۱۶ تن به ناوگان اطلس ایر اضافه شد. این هواپیما توانایی حمل محموله‌های مختلف صنعتی، تجاری و پستی را داشته و بخشی از برنامه توسعه خدمات لجستیکی این شرکت در ایران و منطقه به شمار می‌رود.